Desa Manunggal Jaya terbentuk pada tahun 1996 sebagai bagian dari program transmigrasi nasional, dihuni oleh 350 KK dari Jawa, NTT, dan masyarakat lokal. Desa ini terdiri dari 3 dusun dan 19 blok (A–S), yang kini telah berkembang menjadi pemukiman produktif dengan masyarakat yang guyub dan berdaya.